Viešoji įstaiga „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ (toliau – Įstaiga) yra viena iš nacionalinės programos „Vilnius – Europos kultūros sostinės 2009“ (toliau – VEKS programa) įgyvendintojų. Įstaiga finansuojama iš dviejų šaltinių – Kultūros ministerijos ir Vilniaus miesto savivaldybės biudžetų.

Vilniaus miesto savivaldybė Įstaigos veiklą finansuoja remdamasi atskira sutartimi, kuri sudaroma su Įstaiga. Ši sutartis pasirašoma Vilniaus miesto savivaldybės Tarybai patvirtinus metinį savivaldybės biudžetą. 2007 m. pasirašyta viena sutartis su Vilniaus miesto savivaldybe.

Kultūros ministerijai Įstaiga teikia paraiškas dėl kultūros, meno, visuomeninių bei rinkodaros ir komunikacijos projektų finansavimo. Kultūros ministerijai apsvarsčius paraiškas, pasirašomos sutartys dėl atskirų projektų finansavimo. 2007 m. su Kultūros ministerija buvo pasirašytos 4 sutartys.